名前の由来は、その昔、このあたりに本願寺派の寺があった、あるいは、本願寺派の門徒を使って掘り広げられたからとも伝えられています。

少水生生物であるイトヨ（陸封型）の生息南限地として昭和9年に国の天然記念物に指定されています。

かつて大野市にはたくさんのイトヨの棲息地がありましたが、現在では、本願清水のほか、数か所のみとなっております。

イトヨの研究･学習施設「本願清水イトヨの里」が整備されており、イトヨの観察などができます。（平成13年7月開館）
環境省「平成の名水百選」に認定されました。